Анализ данных секвенирования

1.

Лекция 5
Анализ данных секвенирования

2.

Визуализаторы
FinchTV (бесплатный)
Sequencher (платный)
TraceEditor (входит в пакет ПО MEGA)
Sequence Scaner (бесплатный)

3.

TraceEditor (1)

4.

TraceEditor (2)

5.

TraceEditor (3)

6.

TraceEditor (4)
5’-TTAGTGAGCCACCACCAGCCATC-3’

7.

Alignment

8.

Megablast (1)

9.

Megablast (2)

10.

11.

12.

13.

14.

Формат данных FastQ

15.

FastQC

16.

FastQC

17.

FastQC

18. Алгоритмы сборки de novo

• OLC – overlap-layout-consensus (Arachne,
Celera, CAP3, Phrap)
• Графы де Брёйна (Velvet, SOAPdenovo,
SPAdes)