Методы типирования

13.

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

14.

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле
Assignment of Staphylococcus Isolates to Groups
by spa Typing, SmaI Macrorestriction Analysis, and
Multilocus Sequence Typing
J. Clin. Microbiol. July 2006 vol. 44 no. 7 2533-2540

16.

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

17.

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

18.

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

19.

RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

20.

20
Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ
Семейство Xanthomonadaceae
Подбор праймеров, специфичных к участкам гена dnaA
Примечание:
1.
В скобках указан номер нуклеотида в последовательности гена, соответствующий
началу и концу представленного участка
2.
Праймеры:
Xnf 5′-ATGGA(T/A)(G/T)C(T/C)TGG(C/T)CCCG-3′, Тm = 56 ºС
Xnr 5′-CGGCA(G/A)GC(A/G)TG(C/T)A(G/A)CAC-3′, Тm = 58 ºС

21.

21
Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ
Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С использованием рестриктазы Aat2
С использованием рестриктазы Bgl1
Дорожки 1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas
maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы

22.

22
Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ
Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С использованием рестриктазы Sac1
Дорожки 1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas
maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы

23.

24.

AFLP – amplified fragment length polymorphism

25.

AFLP – amplified fragment length polymorphism

26.

AFLP – amplified fragment length polymorphism

27.

RAPD – random amplified polymorphic DNA

28.

RAPD – random amplified polymorphic DNA

29.

RAPD – random amplified polymorphic DNA
RAPD profiles of Bacillus isolates

30.

REP-PCR

31.

32.

REP-PCR

33.

REP-PCR

34.

Типирование методом амплификации локусов,
содержащих CRISPR-элементы
(CRISPR — Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)
Структура CRISPR-повторов в геноме Xanthomonas anoxypoda
34

35.

VNTR (MLVA – multiple-locus variable tandem repeat analysis)

36.

Alignment of Lpms37 repeats and flanking sequences in the three reference strains and three
unrelated isolates using ClustalW.
Christine Pourcel et al. J. Clin. Microbiol. 2007;45:11901199

37. 38. Методы генотипирования микроорганизмов

38
Сложность в
ВоспроизвоСтоимость
димость
интерпретации
анализа
результатов
результатов
Метод
Трудоемкость
Секвенирование
генов
Высокая
Средняя
Высокая
Высокая
Локусспецифическая
ПЦР-ПДРФ
Низкая
Низкая
Средняя
Низкая
REP-ПЦР
Низкая
Низкая
Высокая
Низкая
VNTR-анализ
Низкая
Низкая
Высокая
Низкая