Кладистика
Метод максимальной парсимонии
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
UPGMA
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
Метод присоединения соседей
905.54K
Категория: БиологияБиология

Кладистика. Метод максимальной парсимонии. Метод присоединения соседей

1. Кладистика

Алкин Н.А.
• апоморфия
• плезиоморфия
• синапоморфия
• симплезиоморфия
• гомоплазия
• внешняя группа
• базальная группа
• монофилия
• парафилия
• полифилия

2. Метод максимальной парсимонии

1. Подсчёт числа эволюционных
событий для каждого дерева
2. Выбор дерева с наименьшим
числом таких событий

3. UPGMA

Шаг 1. Составляем таблицу
эволюционных расстояний:
• принимаем каждое
различие в признаках за 1

4. UPGMA

5. UPGMA

6. UPGMA

7. UPGMA

8. UPGMA

9. UPGMA

10. UPGMA

11. UPGMA

12. UPGMA

13. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

14. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

15. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

16. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
-50
-38
-34
-34
-38
-34
-34
-40
-40
-48

17. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

18. Метод присоединения соседей

1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

A
A
B
C
D
E
B
C
D
E
5
9
9
8
10
10
9
8
7
3

19. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

U
C
D
E
C
D
E
7
7
6
8
7
3

20. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

U
C
D
E
C
D
E
-28
-24
-24
-24
-24
-28

21. Метод присоединения соседей

U
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

U
C
D
E
C
D
E
-28
-24
-24
-24
-24
-28

22. Метод присоединения соседей

V
V
1. Построить матрицу расстояний n*n
2. Построить Q-матрицу
D
3. Выбрать наименьшее значение Q
4. Присоединить 2 ветви с Qmin к узлу
E
5. Найти расстояние от данных ветвей до узла
6. Найти расстояние от остальных ветвей до узла
7. Построить новую матрицу расстояний (n-1)*(n-1)

D
E
V
4
3
V
-10 -10
3
D
-10
E
D
E
English     Русский Правила