Оценка качества прочтений NGS / FastQC

1. Оценка качества прочтений NGS / FastQC

2. Trimmomatic

• Trimmomatic – быстрый, удобный инструмент,
предоставляющий широкие возможности по
очистке ридов от служебных
последовательностей (адаптеров) и нуклеотидов с
низким качеством.
• Представляет из себя консольное приложение.
• Работает с FASTQ файлами (умеет работать и с
phred + 33 и с phred + 64 quality scores), а также с
сжатыми gzip и bzip2.
• Может работать как с paired-end так single-end
данными.

3. Single End Mode

• При работе программы в формате Single
End на вход подается один FASTQ файл.
Результатом также является один файл.

4. Paired End Mode

• При работе программы в формате Paired End на вход подается два
файла. Результатом работы являются 4 файла. Два файла ‘paired’, где
оба рида из пары сохранились. Два файла ‘unpaired’ , в которых риды
сохраняются даже в случае, если его «пара» была удалена.

5. ILUMINACLIP

• Используется для удаления адаптеров
Illumina

6. SLIDINGWINDOW

• Выполнят обрезку, когда среднее качество нуклеотидов в «рамке»
падает ниже порога. Таким образом, 1 нуклеотид с низким качеством
среди множества с высоким не приведет к удалению
последовательности.
• SLIDINGWINDOW:<windowSize>:<requiredQuality>
• windowSize – определяет число оснований «рамки», в которой
рассчитывается среднее значение качества
• requiredQuality – определяет минимальное среднее качество в
«рамке»

7. LEADING

• Удаляет основания низкого качества из
начала рида. До тех пор пока качество
нуклеотидов остается ниже определенного
уровня «threshold» они будут удалятся.
• LEDING :<quality>
• quality – определяет минимальное
требуемое качество

8. TRAILING

• Удаляет основания низкого качества из
конца рида. До тех пор пока качество
нуклеотидов остается ниже определенного
уровня «threshold» они будут удалятся.
• TRAILING :<quality>
• quality – определяет минимальное
требуемое качество

9. CROP

• Удаляет основания с конца ридов вне
зависимости от качества, обрезая все риды
до одной длины.
• CROP:<length>
• length – число оснований, которые будут
сохранены от начала рида

10. HEADCROP

• Удаляет основания с начала ридов вне
зависимости от качества, обрезая все риды
до одной длины.
• HEADCROP:<length>
• Число оснований удаляемых из начала
рида

11. MINLEN

• Модуль удаляет риды, имеющие размер
ниже заданного значения.
• MINLEN:<length>
• length – определяет порог. Риды короче
порога будут удалены.