Методы изучения хроматина

1. Методы изучения хроматина

Харыбина Екатерина
- Кафедра клеточной биологии и гистологии биофака МГУ
- Отдел электронной микроскопии НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского
- Портал PCR.news

2. План

1. Хроматин и методы его изучения
2. Что изучает наша лаборатория
3. Научная журналистика

3. 1. Структура хроматина

Ou et al., 2017 с изменениями

4. Нуклеосомный уровень «бусины на нити»

нуклеосома
ДНК
гистоны
Строение нуклеосомы

5. Страшные картинки

Изоформы и посттрансляционные модификации гистонов
Zhao et al., 2013

6. Активность хроматина

Эухроматин
- активный
- рыхлый
- рано реплицируется
Гетерохроматин
- неактивный
- компактный
- поздно реплицируется

7. Хромосомные территории

Хромосомы
расположены
хаотично
У каждой
хромосомы своя
территория
T. Cremer, M. Cremer, 2010

8.

Хромосомные территории
UV Облучение и меченые нуклеотиды
T. Cremer, M. Cremer, 2010

9. Хромосомные территории в ядрах FISH

FISH – флуоресцентная гибридизация in situ

10. FISH

денатурация
гибридизация
меченый
олигонуклеотид

11. Хромосомные территории в ядрах FISH

FISH – флуоресцентная гибридизация in situ
T. Cremer, C. Cremer, 2001, адаптация

12. Мечение новой нити ДНК

EdU – аналог тимидина
Включение в
новую цепь ДНК
Проявление
Азид с флуорофором

13. Репликативные паттерны

первый
второй
Эухроматин
Гетерохроматин
5 мкм
третий
четвертый

14. ТАДы и Hi-C

определение конформации хромосом
ТАДы – топологически ассоциированные домены

15. ТАДы и Hi-C

16. Регуляция транскрипции генов

транскрипция?
энхансер
промотор

17. Регуляция транскрипции генов

транскрипция?
энхансер
промотор
образование петли
энхансер
промотор
транскрипция!

18. Укладка хроматина в ТАДы

Song, Kim, 2017, с изменениями

19.

@sketchingscience

20. 2. Что изучает наша лаборатория

21. Направления

Ядерная ламина
Когезины и репликация

22. Функции когезинового комплекса

• контроль когезии сестринских хроматид
• участие в репликации и репарации ДНК
• регуляция экспрессии генов
• организация хроматина в интерфазе

23.

24. Поведение сестринских хроматид после репликации

Распределение репликативной
метки EdU в хроматиновых
фибриллах, электронная
микроскопия
Deng et al., 2016
Расхождение меченого FISH
локуса в клетках
Schmitz et al., 2007

25. Мечение сестринских хроматид

EGFP
Мечение сестринских
хроматид
dCas9

26. Меченные dCas9‑mEGFP локусы

Меченные dCas9-mEGFP локусы
интерфаза
митоз

27. Меченные dCas9‑mEGFP локусы, электронная микроскопия

Меченные dCas9-mEGFP локусы,
электронная микроскопия

28.

Меченные dCas9-mEGFP локусы в профазе,
электронная микроскопия

29. Причем тут когезин?..

Зачем это вообще нужно?..
• Фундаментальная наука
• Мутации в белках когезинового комплекса и его регуляторах:
– Опухолевая трансформация клеток
– Бесплодие и пороки развития
– Когезинопатии

30. 3. Научная журналистика

31.

32. Как сделать научную новость

33. Наш редактор Елена Клещенко

34.

Сайт PCR.news и
паблики в ВК и ФБ
Статьи на Биомолекуле
про хроматин

35.

Чувак, митоз начинается через 5 минут...
А ты до сих пор не сконденсировался!