Источники (электронных) данных. Ведущие цифровые гербарии России

1.

2.

2022

3.

Источники (электронных) данных
• Гербарные коллекции
• Литература
• Наблюдения

4.

5.

Источники данных
• Гербарные коллекции
• Литература
• Наблюдения

6.

Самые большие гербарии России
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Организация
Санкт-Петербург, БИН РАН
Москва, МГУ
Санкт-Петербург, СПбГУ
Новосибирск, ЦСБС РАН
Москва, ГБС РАН
Владивосток, ФИЦБ РАН
Томск, ТГУ
Сыктывкар, ИБ КНЦ РАН
Санкт-Петербург, ВИР
Ростов-на-Дону, ЮФУ
Thiers (2022) The World’s Herbaria 2021
Акроним
LE
MW
LECB
NS + NSK
MHA
VLA
TK
SYKO
WIR
RV
Фонды
6 000 000
1 085 561
800 000
740 000
610 000
500 000
500 000
407 000
376 825
350 000

7.

MW
Сколько образцов оцифровано?
Россия:
• 16,4 млн образцов
• 1,6 млн оцифровано (отсканировано)
• 9,5% доля оцифрованных коллекций
MW
Мир:
• 397,6 млн образцов
• около 86,8 млн оцифровано и доступно в GBIF
• 21,8% оцифрованных коллекций
Источники: Thiers (2021), Index Herbariorum и др.
Original counts and estimates

8.

Ведущие цифровые гербарии России
Организация
Код
Сканов
Доля
Сайт
1
Москва, МГУ
MW
1 015 242
94%
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
2
3
Санкт-Петербург, БИН РАН
Москва, ГБС РАН
LE
MHA
141 253
106 627
2%
17%
http://herbariumle.ru/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
4
Новосибирск, ЦСБС СО РАН
NS+NSK
80 232
11%
http://84.237.85.99:8081/
https://www.gbif.org/
5
6
Владивосток, БСИ ДВО РАН
Иркутск, ИГУ
VBGI
IRKU
46 022
42 154
35%
32%
http://botsad.ru/herbarium/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
7
Барнаул, АГУ
ALTB
39 905
13%
http://altb.asu.ru/
https://www.gbif.org/
8
9
Екатеринбург, РАН
Кемерово, КузБС РАН
SVER
KUZ
38 873
19 014
30%
34%
https://herbarium.ipae.uran.ru/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
10 Воронеж, ВГУ
11 Благовещенск, БСИ ДВО РАН
12 Тула, ТулГПУ
VOR
ABGI
TUL
15 456
9 802
9 000
14%
43%
86%
http://herbarium.bio.vsu.ru/
http://botsad.ru/herbarium/
https://plant.depo.msu.ru/
https://www.gbif.org/
Нет в доступе:
IRK – 15 000
(8%)
31.10.2022

9.

14.07.2023

10.

Гербарные коллекции: проблемы
• Низкая доля оцифровки
• Длительный и затратный процесс
• Сокращение квалифицированных кадров
• Громоздкий процессинг данных
• Сокращение числа обращений к самой коллекции

11.

12.

Источники данных
• Гербарные коллекции
• Литература
• Наблюдения

13.

Сотни региональных флор, определителей

14.

Пять основных «Флор»
LE
Район 1
1974-2004
LE
Район 2
2003-[2024?]
NS, NSK
Районы 3,4
1988-2003
VLA
Район 5
1985-2006
TASH
Район 6
1968-1993

15.

Чеклисты С.К. Черепанова (БИН АН СССР)
1973
1981
4 745 новых видов и
подвидов, дополняющих
«Флору СССР»
Чеклист №1:
22 238 таксонов
21 463 видов
330 подвидов
445 гибридов
1995
1995
Чеклист №2: 23 397 таксона (два издания: англ., рус.)
21 770 видов, 500 подвидов, 594 гибридов,
533 наиболее обычных культурных вида

16.

Черепанов (1995)

17.

Некоторые из «Флор» имеют карты

18.

Библиотека «Флора и фауна»
• Библиотека
отсканированных
монографий по ботанике и
зоологии
• 16 437 томов
• Основана А.Б. Шипуновым
• Адрес:
http://herba.msu.ru/shipunov
/school/sch-ru.htm

19.

14.07.2023

20.

14.07.2023

21.

14.07.2023

22.

Данные литературы: проблемы
• Низкая доля оцифровки
• Длительный и затратный процесс
• Отсутствие референсных образцов («только название»)
• Большое число обобщающих работ без первичных данных

23.

Источники данных
• Гербарные коллекции
• Литература
• Наблюдения

24.

14.07.2023

25.

14.07.2023

26.

14.07.2023

27.

14.07.2023

28.

Ключевые особенности России на iNaturalist
• Преобладают наблюдения сосудистых растений
Россия: 57,4%
Мир: 39,4%
• Преобладают наблюдения со свободными лицензиями (CC0, CC-BY, CC-BY-NC)
Россия: 88,3%
Мир: 66,5%
• Преобладают верифицированные наблюдения
Россия: 80,0%
Мир: 61,7%
• Очень высокий показатель «наблюдений на человека»
Россия: 144,8 шт.
Мир: 49,3 шт.
• Доля данных в GBIF
Россия: 71,1%
Мир: 44,0%
6.12.2022

29.

Старт проекта «Флора России»
на iNaturalist (начало 2019 г.)
Загрузка Цифрового
Гербария МГУ (конец 2017 г.)
6.12.2022

30.

Данные наблюдений: проблемы
• Высокая доля непрофессиональных исследователей
• Данных очень много
• Разное качество фотографий
• Различные диспропорции в данных

31.

21.05.2023

32.

21.05.2023

33.

34.

«Атлас флоры России»
Карты и их жизнь

35.

36.

Все источники по флоре России,
квадраты 100 x 100 км
Автор карты С.В. Дудов

37.

38.

39.

40.

41.

42.

«Атлас флоры России»: что дальше?
1) АССЕНИЗАЦИЯ – завершить первичную чистку карт (третий релиз);
2) ИРРИГАЦИЯ – отладить включение новых данных (в т.ч. данных iNaturalist,
добавленных с апреля 2022 г.);
3) РЕНОВАЦИЯ – обновить датасет и проверить, как новые данные легли на карты
(четвёртый релиз);
4) ПАСПОРТИЗАЦИЯ – соотнести карты с чеклистом (списком) флоры России, найти
пропуски и устранить явные нестыковки (пятый релиз);
5) КОММУНИКАЦИЯ – привлечь знатоков отдельных групп и региональных флор для
тщательного анализа подготовленного комплекта (чеклист с картой на каждый вид)
(шестой релиз).