Знакомство с платформой iNaturalist (лекция 2)

1.

Полевая биология для небиолога: среда iNaturalist для документации
биоразнообразия
Field biology for a non-biologist: iNaturalist environment for biodiversity
documentation
Осенний семестр 2023/2024 гг.
Серегин Алексей Петрович доктор биологических наук
кафедра экологии и географии растений биологического факультета МГУ [email protected]
Дудова Ксения Вячеславовна кандидат биологических наук
кафедра экологии и географии растений биологического факультета МГУ [email protected]

2.

Полевая биология для небиолога: среда iNaturalist для документации
биоразнообразия
Field biology for a non-biologist: iNaturalist environment for biodiversity
documentation
Лекция 2. Знакомство с платформой iNaturalist
Серегин Алексей Петрович доктор биологических наук
кафедра экологии и географии растений биологического факультета МГУ [email protected]

3.

Оргвопросы
Запись на курс
Телеграм: https://t.me/iNaturalist2023
Первая домашняя работа
Наблюдения
Зачёт

4.

3.10.2023

5.

1. Введение
Кратко об экосистеме iNaturalist: что это такое?

6.

Что такое iNaturalist?
(официальные данные)
• iNaturalist is an online social network of people sharing biodiversity
information.
(соцсеть)
• It's also a crowdsourced species identification system…
(система для определения)
• …and an organism occurrence recording tool.
(инструмент для документации)

7.

8.

9.

10.

11.

История iNaturalist: Беркли у истоков
• iNaturalist.org появился в 2008 г. как диплом студентов
Беркли (Нейт Эгрин, Джессика Клайн, Кеничи Уеда)
• Позднее Нейт Эгрин и Кеничи Уеда продолжили работу
над сайтом с веб-разработчиком Сином Макгрегором.
• В 2011 г. Кеничи Уеда начал сотрудничество со Скотом
Лоури научным сотрудником Стэнфордского университета,
который в Беркли читал лекции. Сейчас Уеда и Лоури на
равных являются директорами iNaturalist.
• Уже как организация iNaturalist вошел в состав Академии
наук Калифорнии 24 апреля 2014 г.
• В 2014 г. пользователи загрузили 1 000 000-е наблюдение
на iNaturalist .
• В 2017 г. iNaturalist получил статус «совместной
инициативы» Академии наук Калифорнии и
Национального географического общества (США).
• В июле 2017 г. определение на iNaturalist стало
возможным с использованием компьютерной модели.
11

12.

История iNaturalist:
новейшее время
• 20 сентября 2020 г. – 50 млн наблюдений
• 2 октября 2021 г. – старт курса МФК «Полевая биология» в
МГУ. Первый университетский курс по освоению платформы.
• 27 мая 2022 г. – 100 млн наблюдений
• 11 июля 2023 г. – статус «Independent Nonprofit», выход из
состава Калифорнийской академии наук и Национального
географического общества США
• 28 июля 2023 г. – 150 млн наблюдений
• 13 сентября 2023 г. – объявление о получении гранта (10 млн
USD) от Gordon and Betty Moore Foundation
• 21 сентября 2023 г. – начало работы Геомодели
• Июль 2024 г. – отдельный симпозиум, посвященный данным
iNaturalist, пройдёт на Международном ботаническом
конгрессе в Мадриде
…
• К 2030 г. ожидается 100 млн пользователей iNaturalist
12

13.

14.

2. Данные iNaturalist
Пропорции и диспропорции

15.

24.09.2023

16.

Источник: https://www.inaturalist.org/stats
29.09.2023

17.

29.07.2023

18.

Толщина спирали
соответствует объему
наблюдений по дням
(отсечка 100 000 000
наблюдений)
28.05.2022

19.

64 800 ячеек (1x1 градус)
29.07.2023

20.

Россия (1x1 градус)
29.07.2023

21.

Наблюдения за 2022 год
Россия на iNaturalist по отдельным годам
2017 –
4 555 (39-е)
2018 – 47 888 (18-е)
2019 – 383 987 (6-е)
2020 – 1 140 531 (3-е)
2021 – 1 397 444 (3-е)
2022 – 1 478 996 (4-е)
29.09.2023

22.

Россия, Jan-Sep 2022 vs. Jan-Sep 2023, все группы
1.10.2023

23.

Наблюдения за 2023 год: Россия vs. Австралия
2.10.2023

24.

Источник:
https://jumear.github.io/stirfry/iNat_countries.html?stats=observations
США
79 392 965
Канада
13 178 461
Мексика
6 589 154
Австралия
6 387 570
Россия
6 265 184
Великобритания 4 722 011
ЮАР
3 470 147
Франция
3 164 059
20.09.2020 (карта)
Германия
3 135 615
Италия
2 800 182 29.09.2023 (таблица)

25.

20.09.2020
01.2022

26.

Новые виды на iNaturalist
31.12.2022

27.

3. Community Guidelines
Основной документ iNaturalist
Не переводится на другие языки чтобы избежать ошибок в трактовках перевода.

28.

1

29.

2

30.

3

31.

4

32.

5

33.

6

34.

7

35.

4. Регистрация и профиль
Краткий обзор сайта по разделам

36.

37.

29.09.2023

38.

39.

40.

41.

42.

43.

44.

45.

46.

47.

Получить номер ORCID
(например такой: 0000-0002-1824-7453)
и привязать его к вашему профилю на сайте iNaturalist –
часть вашего домашнего задания №1

48.

49.

50.

51.

5. Загрузка наблюдений через
сайт
Что происходит когда вы нажимаете зелёную кнопку «Загрузить»?

52.

53.

54.

55.

56.

57.

58.

59.

16.09.2021

60.

11.10.2021

61.

11.10.2021

62.

63.

6. Сообщество
Что находится в этом разделе?

64.

65.

66.

67.

68.

69.

70.

71.

7. Раздел «Ещё»
Для профессиональных пользователей платформы

72.

73.

74.

75.

76.

8. Что такое iNaturalist на самом
деле?
Для пользователей платформы

77.

77

78.

79.

79

80.

80

81.

81
01.10.2023

82.

82

83.

83
01.10.2023

84.

9. Чем iNaturalist не является?
Раздел взят с официального сайта

85.

• Это НЕ хранилище данных
«Наш подход к развитию науки и охраны природы заключается в том, чтобы сосредоточиться
на поддержке большого здорового сообщества, использующего платформу для создания,
обмена, изучения и управления данными, а не на непосредственном сборе данных. Таким
образом, iNat не является хранилищем данных и не является подходящим местом для
хранения внешних данных, не сгенерированных на платформе, если только вы не планируете
использовать и обрабатывать эти данные на iNat».
• Это НЕ инструмент для картографирования всего
«Здесь нет возможности составить карту всех экологических явлений, таких как горные
породы, мусор, водные объекты и т.д. iNaturalist предназначен для записи наблюдений за
отдельными живыми существами, особенно за вещами, которые можно связать с названием
вида. Он определенно не предназначен для картографирования ваших друзей, камер
наблюдения, мусорных баков и т. д. Если вас интересуют подобные вещи, попробуйте сайт для
обмена фотографиями (многие из них включают карты), Open Data Kit или другую
картографическую платформу».

86.

• Это НЕ способ резервного копирования ваших фотографий
«Мы изменяем размер и повторно обрабатываем все фотографии, загруженные
непосредственно в iNat. И хотя мы архивируем фотографии со сторонних сервисов, таких как
Flickr, не полагайтесь на то, что мы сохраним исходную информацию на фотографиях, которые
вы добавляете в iNat. Сохраняйте качественные резервные копии на своем собственном
оборудовании или воспользуйтесь одним из множества облачных решений для резервного
копирования».
• Это НЕ способ сбора секретной информации
«iNat – это, по сути, обмен информацией. Если закон, местная политика или особенности
вашего проекта требуют, чтобы вы скрывали информацию от публичного просмотра,
iNaturalist, вероятно, не подойдет вам. Мы выполняем некоторую ограниченную маскировку
координат, когда речь идет о видах, находящихся под угрозой исчезновения, и если вам этого
достаточно, отлично, но если вам нужно больше секретности, поищите другую платформу. Мы
полностью понимаем эти потребности, но iNat не является подходящим инструментом для их
удовлетворения».

87.

10. Работа с чужими данными
Разделы «Исследуйте» и «Идентифицируйте»

88.

Принципиальная схема жизни данных
1. Съёмка
2. Загрузка
3. Автоматическое
определение
Фотоаппарат
Сайт
Сайт
4. Проверка определений
экспертами
Смартфон
Приложение
Приложение
5. Наблюдения попадают в
проект «Флора России»

89.

16.09.2021
11.10.2021

90.

16.09.2021
11.10.2021

91.

16.09.2021
11.10.2021

92.

16.09.2021
11.10.2021

93.

94.

16.09.2021

95.

16.09.2021

96.

11.10.2021

97.

98.

99.

100.

101.

102.

103.

104.

16.09.2021
11.10.2021

105.

Полевая биология для небиолога: среда iNaturalist для документации
биоразнообразия
Field biology for a non-biologist: iNaturalist environment for biodiversity
documentation
Лекция 2. Знакомство с платформой iNaturalist
Серегин Алексей Петрович доктор биологических наук
кафедра экологии и географии растений биологического факультета МГУ [email protected]