Философия PubMed

1. Философия PubMed

Белорусский государственный
медицинский университет
Кафедра инфекционных болезней
Философия PubMed
асс. Н.В.Соловей

2. Количество публикуемых ежегодно РКИ по данным PubMed (Medline)

2008 год - 26017 РКИ
1965 год - 39 РКИ

3.

И это только маленькая часть...

4.

Знания бывают двух типов
- мы сами знаем данную
тему или мы знаем, где
найти информацию о ней
Семюэль Джонсон,
XVIII век

5. Лечение

• база данных биомедицинской информации,
включающая описания нескольких тысяч
медицинских периодических изданий со всего
мира, начиная с начала 1960-ых.
• бесплатный доступ
• медицина и биология
• www.pubmed.gov = www.nlm.nih.gov/pubmed

6.

7. Что такое MEDLINE ?

• библиографическое описание статей из 5600
биомедицинских журналов на 40 языках
> 24.000.000 статей на начало 2014 г.
~ 80% - c рефератами (abstracts)
все не англоязычные рефераты - в переводе на
английский
от 2.000 до 4.000 записей добавляются ежедневно, за
2013 г. добавлено 700.000 описаний
• гиперссылки на тексты статей
• гиперссылки на сайты издательств журналов

8. Главный поисковый экран PubMed

Расширенный поиск
Справочная информация по
использованию PubMed
Окошко для поискового запроса
Разнообразные поисковые средства PubMed
www.pubmed.gov

9. 1. Поиск по ключевым словам (терминам)

10. Возможности поиска в PubMed

1. По ключевым словам (терминам)
2. По автору
3. По заглавию журнала
4. По предметным
рубрикам (MeSH)

11. Ключевые слова (КС) -

Ключевые слова (КС) • термины, выражающие основное смысловое
содержание информационного запроса
Окошко для
поискового
запроса

12. Как осуществляется поиск по ключевым словам

• PubMed автоматически проверяет введенный запрос
(ключевые слова) на наличие в базе с помощью
специальных указателей в следующем порядке (!!!):
– указатель медицинских предметных рубрик (MeSH
Translational Table)
– указатель журналов (Journal Table)
– указатель фраз (Phrase List)
– авторский указатель (Author Index)
• Если запросу найдено соответствие в одном или
нескольких указателях, выбираются все документы,
включающие данный запрос

13. 1.1. Указатель медицинских предметных рубрик (MeSH Translational Table)

• Данный указатель проверяется в первую
очередь с целью нахождения предметной
рубрики(MeSH Term), эквивалентной
заданному поисковому запросу (КС). Если
такая рубрика находится, РubMed отбирает:
– все документы, включающие эту предметную
рубрику
– все документы, у которых искомые ключевые слова
(keywords) встречаются в заглавии и/или реферате

14. 1.1. Указатель медицинских предметных рубрик (MeSH Translational Table)

Первые 2 документа не содержат
КС «meningitis» в заглавии,
однако оно имеется в рефератах
Система ищет по предметной рубрике (MeSH Term)
И/ИЛИ по ключевым словам во всех полях документа

15. 1.2. Указатель журналов (Journal Table)

• Поисковые термины, которым не найдено
соответствие в указателе предметных
рубрик, проверяются по указателю журналов
• Указатель журналов включает:
– полные заглавия журналов: New England Journal
of Medicine
– аббревиатуры журналов, принятые в MEDLINE:
N Engl J Med
– международные стандартные серийные номера
(ISSN): 0028-4793

16. 1.2. Указатель журналов (Journal Table)

Система не нашла соответствий поисковому запросу
в предметной рубрике MEDLINE и осуществила
поиск в указателе журналов. Найдено соответствие
введенному ISSN – N Engl J Med и представлены все
документы, опубликованные в данном журнале

17. 1.3. Указатель фраз (Phrase List)

• Если поисковый термин не был найден в двух
предыдущих указателях, РubMеd произведет поиск в
указателе фраз, состоящем из сотен тысяч записей,
отобранных из:
– указателя медицинских предметных рубрик (МеSН)
– унифицированной медицинской языковой системы (United
Mеdiсаl Lаnguage Sуstем- UМLS)
– перечня названий химических соединений (Substances)
• Если в качестве запроса введена фраза и она не
обнаружена целиком, итоговый поиск будет
осуществлен по отдельным словам фразы
• Если необходим поиск по фразе целиком, ее следует
заключить в кавычки. Например: “population health”

18. 1.3. Указатель фраз (Phrase List)

Система не нашла соответствий поисковому запросу «hot
tube» в предметной рубрике MEDLINE и в указателе
журналов и осуществила итоговый поиск по отдельным
словам фразы «hot» и «tube». При этом найдены даже те
документы, в которых данные слова могут встречаться в
тексте реферата, но быть разнесены друг от друга. Ожидать
эффективности от такого поиска не приходится....

19. Поиск термина по корню слова (Truncation – усечение, округление)

• Используется, чтобы найти все варианты слова
одного и того же слова с одинаковой основой
(корнем) ПО УКАЗАТЕЛЮ ФРАЗ
• Необходимо напечатать основу слова и звездочку
«*» после него
• Пример:
bacteraem*
• Очень полезно, если Вы не знаете точное
написание термина или хотите увидеть все
возможные окончания ключевого слова в
публикациях

20. Поиск термина по корню слова (Truncation – усечение, округление)

В ответ на запрос «bacteraem*» система нашла статьи,
содержащие в своих полях «bacteraemia», «bacteraemia‘»
«bacteraemia's», «bacteraemias», « bacteraemic» и т.д.
Использование функции «Truncation» автоматически исключает
проверку термина по указателю предметных рубрик

21. Использование логических операторов

РubМеd позволяет использовать следующие логические
операторы между поисковыми терминами:
– АND (и) ⎯ в случае, если два или более термина должны быть
найдены в одном документе.
Например: аsthmа AND smоking
– ОR (или) ⎯ в случае, если хотя бы один из терминов должен
быть найден в документе.
Например: аsthmа ОR smоking
- NОТ (не) ⎯ в случае, если только один термин должен быть
найден в документе, а второй должен обязательно
отсутствовать.
Например: аsthmа NОТ smоking
Оператор AND использовать не обязательно (PubMed автоматически его
добавит между терминами, если не указано иное)

22. Последовательность имеет значение !

• Если заглавие искомого журнала совпадает с
названием предметной рубрики, PubMed отберет
только статьи, включающие данную предметную
рубрику, но не найдет журнал
• Если поисковая фраза совпадет с названием
журнала, то система выведен статьи из журнала
вместо статей на искомую тему
Как этого избежать? Можно изначально вести
поиск по определенным полям документа!

23. 1.4. Авторский указатель (Author Index)

• Термины, которым не нашлось соответствия в
предыдущих указателях, проверяются в
авторском указателе
• Если нужно найти все статьи одного автора,
необходимо указать после фамилии одну или
несколько букв, представляющих инициалы
автора
Например:
Cornaglia G.
Karpov I A

24. 1.4. Авторский указатель (Author Index)

Мы ввели фамилию и инициалы, и система нашла все статьи
автора, представленные в MEDLINE, по авторскому
указателю

25. Использование ограничений (Filters)

• Поиск можно значительно оптимизировать под
конкретный запрос, используя ограничения
• Особенно это полезно, если в ответ на
поисковый запрос система выдала слишком
много документов
• В настоящее время PubMed позволяет
лимитировать поиск по: типу публикации;
доступности полного текста; дате публикации; полу и
возрасту пациента; субъекту исследования; полю, в
котором проводится поиск; категории журнала и типу
статьи и др.

26. Использование ограничений (Filters)

Можно также увидеть дополнительные фильтры, нажав на
«Show additional filters»
Панель Ограничений (Filters) с наиболее часто
используемыми фильтрами находится слева от списка
найденных публикаций

27. Использование ограничений (Filters)

Используя панель Ограничений (Filters) отберем
АНГЛОЯЗЫЧНЫЕ публикации-ОБЗОРЫ, касающиеся
МЕНИНГИТОВ у ВЗРОСЛЫХ пациентов с ВИЧ за
ПОСЛЕДНИЕ 5 ЛЕТ

28. 2. Поиск по заглавию журнала

• Поиск всех статей определенного журнала
рассмотрен выше
• Если Вы не помните точное название журнала
или хотите найти журналы по определенной
теме – поможет Журнальная база данных
(Journal Database) на главном экране PubMed в
разделе «More Resourses»

29. Журнальная база данных (Journal Database)

Журнальная база данных позволяет вести поиск по следующим
параметрам:
•по полному заглавию журнала
•по его аббревиатуре
•по международному стандартному серийному номеру (ISSN)
•по любому фрагменту заглавия (с использованием операции
Truncation)

30. Пример поиска журналов по специальности «инфекционные болезни»

Введем основу слова «infectio» и добавим символ «*» для
поиска всех журналов, относящихся к области
инфекционных болезней. Нажмем «Search».

31. Пример поиска журналов по специальности «инфекционные болезни»

О каждом журнале известно его
полное и сокращенное название,
ISSN, а также уникальный номер,
присвоенный Национальной
Медицинской Библиотекой США
(NLM ID)
Дополнительно отметив в области Ограничений
только журналы, индексируемые в MEDLINE на
настоящий момент, получаем список из 84
журналов, имеющих отношение к
инфекционным болезням.
Щелкнув на названии журнала,
возможно получить о нем более
детальную информацию, включая
выходные данные, а также (что
очень полезно) – ссылку на сайт
издательства журнала

32. Найдя журнал, можно легко найти все его статьи!

2. Нажимаем «Add to search builder»
3. Нажимаем «Search PubMed»
1. Щелчком отмечаем слева название
нужного журнала
4. Наслаждаемся результатом!
Самые свежие статьи данного
журнала будут вверху списка
(порядок, обратный дате публикации)

33. 3. Поиск по предметным рубрикам (MeSH Search)

• С помощью базы данных предметных рубрик (MeSH
Database) можно выбрать наиболее точный термин из
словаря предметных рубрик (тезауруса), выражающий
содержание поискового запроса
• База данных предметных рубрик позволяет:
– выбирать нужные МеSH термины для поиска, базируясь на их
определениях
– ограничивать поиск только основными (mаjоr) МеSH
терминами, представленными в статье
– выбирать нужные подрубрики(sub-hеаdings)
– видеть МеSH термины в иерархической (от общего к
частному) последовательности и выбирать нужные термины
из иерархической структуры

34. База данных предметных рубрик (MeSH Database)

35. База данных предметных рубрик (MeSH Database)

Введем поисковый запрос «arthritis» и
нажмем справа «Search»
Появиться список подходящих MeSH терминов,
в котором щелкнем на «Arthritis»

36. База данных предметных рубрик (MeSH Database)

Подрубрики (Subheadings) выражают различные
аспекты рассмотрения интересующего термина
(например, диагноз, лекарственная терапия
артрита и т.д.).
! Если Вы не выбрали определенные
подрубрики, все они будут автоматически
включены в Ваш поиск.
Можно отметить одну или несколько подрубрик,
например, в данном случае, медикаментозную
терапию и хирургическое лечение

37. База данных предметных рубрик (MeSH Database)

Ниже списка Подрубрик, под заголовком
Входные термины (Entry Terms) приведены все
синонимы разрешенного MeSH термина, а
также список перекрестных ссылок (See also)
Еще ниже расположена иерархическая
структура MeSH термина, т.е. список
вышестоящих и подчиненных рубрик. Нужная
рубрика выделена жирным цветом.

38. База данных предметных рубрик (MeSH Database)

Возможно Ограничить поиск только главными
рубриками (Restrict to MeSH Major Topic)
Если выбрать Не включать MeSH термины,
найденные ниже этого термина в MeSH
иерархии (Do not include MeSH terms found
below this term in the MeSH hierarchy), из поиска
исключатся статьи, которые содержат
подчиненные термины (в нашем примере –
различные виды артритов; т.е. PubMed найдет
все статьи об артрите в целом, но не о подагре,
которая является видом артрита)

39. Поиск по базе данных предметных рубрик (MeSH Database)

2. Нажмем «Add to search builder»
3. Нажмем «Search PubMed» и получим список
всех статей о медикаментозном лечении артрита
1. Отметим интересующие нас подзаголовки

40. Два раздела, очень полезных, когда определенная публикация уже найдена

Связанные цитирования в PubMed –
список публикаций, схожим по тематике
с найденной. Иногда позволяет
обнаружить статьи, пропускаемые при
различных вариантах поиска
Работы, цитирующие найденную
публикацию. Очень полезно всегда
обращать на них внимание, так как это
априори более свежие публикации с
новыми данными

41. Нашел абстракт, но где взять полный текст?

42. Вариант 1 – полный текст представлен в PubMed в свободном доступе

43. Вариант 1 – полный текст представлен в PubMed в свободном доступе

44. Вариант 2 – в PubMed представлена только ссылка на полный текст статьи, статья платная

45. Как действуем

• Спросить полный текст статьи есть у коллег
• Поискать в интернете (ввести название в строке поиска
www.scholar.google.com, справа может появиться ссылка на pdf
вариант)
• Поискать в научных социальных сетях (к примеру,
www.researchgate.com)
• Воспользоваться системой www.sci-hub.org
• Написать вежливое письмо автору с просьбой прислать полный
текст публикации

46. Вариант 3 – в PubMed явная ссылка на статью не представлена, и при этом она платная!

Щелкнем на заглавии журнала, выберем
во всплывшем окошке Search in NLM
catalog, щелкнем по нем правой
клавишей мышки, выберем открыть
ссылку в новой вкладке / окне
Проверим LinkOut – иногда ссылки на
публикацию прячутся там!
В правом верхнем углу пусто!
Вы видим ссылку на референс-систему
Clinical Key, где есть полный доступ к статье,
но у нас нет доступа к самой системе (((

47. Где-то мы это уже видели?

А вот и ссылка на издательство журнала!
Щелкаем по ней

48.

Находим ссылку на нашу публикацию по
выходным данным (год, том, выпуск
журнала, страницы статьи) или
воспользовавшись поиском и открываем ее

49.

Выделяем ссылку статьи и копируем ее в
буфер обмена (правой клавишей мыши
или CTRL+C)

50. Sci-hub.org

Копируем ссылку статьи в окошко
(CTRL+V) и жмем кнопку рядом

51. Sci-hub.org

А вот и публикация!

52.

Я слышу и забываю.
Я вижу и запоминаю.
Я делаю и понимаю.
Конфуций,
551-479 гг. до н.э.

53. Наша связь

[email protected]
dr. Mikita
Группа кафедры в
Контакте
http://vk.com/club63333711

54.

Спасибо за внимание