Робота з кластером ІФКС

1. Робота з кластером ІФКС

Локальні комп’ютери - система Linux з графічною оболонкою Xwindows
Login: students
Password: simul123
startx
- запуск Xwindows
Під’єднання до кластеру ІФКС через ssh протокол
ssh -X thunder
або
ssh -X students@thunder
Загальні команди Linux:
cd MATH
- перехід у директорію MATH
ls або lt - показати список файлів у директорії
exit або x - вихід з кластеру
make name - компіляція фортранівської програми name.f
vi name.f
- редактування файлу name.f
./name
- запуск програми name на рахунок

2. Робота з кластером ІФКС

Редактор vi
- основні команди:
Клавіша Esc - перехід у командний режим
dd - знищення строки;
x - знищення букви
5dd - знищення 5 строк
:q! - вихід з редактора без збереження змін
:wq - вихід з редактора із збереженням змін
yy - копіювати в буфер одну лінійку
5yy - копіювати в буфер 5 лінійок
p - вставка скопійованої в буфер інформації
Перехід у режим редактування:
i - вставка перед курсором
a - вставка після курсору
R – режим заміщення
o – вставка нової стрічки
s5 – заміна 5 символів лаві

3. Пакет молекулярної динаміки SIMUL

Вхідні файли:
ATOMS - ASCII файл, що містить всі основні параметри МД
TABDAT - ASCII файл, що містить таблицю з потенціалами взаємодії
PADAT - BINARY файл, що містить координати та швидкості
частинок з останньої конфігурації
Вихідні файли:
PAOUT
REPORT
PDF
TEDAT
- BINARY файл, що містить останню конфігурацію
- ASCII файл, що містить біжучу інформацію про МД
- ASCII файл, що містить парні функції розподілу
- ASCII файл, що містить миттєву температуру по кроках
Продовження попередньої симуляції:
cpcp
PAOUT
PADAT

4. Файл ATOMS для задання основних параметрів МД в пакеті SIMUL

Перший етап: генерування початкової конфігурації (kstart=0) !!!
500 частинок, однокомпонентна система, маса частинок 6.633629E-26 кг,
густина 1419.89кг/м3, часовий крок 2фс, початкова температура 700К
0,0110
17500.
0,0,1
0,150
10,2,1
700.,700.,660.,740.
11.,20.
500, 1, 0
6.633629E-26, 6.633629E-26
'Ar500','LJ '
0.,.TRUE.
1419.89,0.200E-14
kstart,ktask
nt,nsmax
nbloc,kbloc,ngplot
t0,tf,tmin,tmax
pcdist,pcfein
npart,kra,krb
m1,m2 (kg)
type of pot., info
lin cutoff, analytic force
density (kg/m^3), timestep (s)

5. Файл ATOMS для задання основних параметрів МД в пакеті SIMUL

Другий етап: старт з існуючої у файлі PADAT конфігурації (kstart=1) !!!
Зміна температури з 700К до 204.858К у межах 195К-715К .
Перескалювання температури 400 разів кожних 10х2 кроків
1,0111
17500.
0,0,1
1000,400
10,2,1
700.,204.858,195.,715.
11,20.
kstart,ktask
nt,nsmax
nbloc,kbloc,ngplot
to,tf,tmin,tmax
pcdist,pcfein

6. Файл TABDAT для задання потенціалів взаємодії в пакеті SIMUL

0.20000E-11 0.10000E-09
Na-K
Бінарна
0.17800000E-08 0.17800000E-08 0.17800000E-08
890
763
819
0.12533300E-15
0.12549600E-15
0.12557400E-15
0.59050000E-16
0.59212800E-16
0.59290800E-16
0.37960000E-16
0.38122800E-16
0.38200700E-16
0.27415300E-16
0.27577900E-16
0.27655800E-16
0.21820400E-16
0.21982900E-16
0.22060800E-16
0.18001000E-16
0.18163300E-16
0.18241200E-16
.................................................
система
Ar
0.20000E-11 0.10000E-09
Однокомпонентна
0.12000000E-08 0.12000000E-08 0.12000000E-08
система
600
600
600
0.41110769E+06
0.41110769E+06
0.41110769E+06
0.10036809E+03
0.10036809E+03
0.10036809E+03
0.77357161E+00
0.77357161E+00
0.77357161E+00
0.24503928E-01
0.24503928E-01
0.24503928E-01
0.16838978E-02
0.16838978E-02
0.16838978E-02
0.18886026E-03
0.18886026E-03
0.18886026E-03
0.29701539E-04
0.29701539E-04
0.29701539E-04
....................................................