Объекты в биологии
Клетка-город
Клетка как город
Why do we need genome? The inner life of the cell
ЧТО ТАКОЕ ГЕНОМ?
Геномы разных органзимов
Вторичная структура – альфа-спираль и бета-лист
Proteins are made of 20 amino acids
Genome is made of DNA
DNA is made of 4 nucleotides
Chargaff’s rules
Good Quality DNA X-Ray images
Nobel Prize in 1962
Расшифровать генетический код
Георгий Гамов
Клуб РНК-галстуков
Код без запятых
1957, Francis Crick a talk at University College, London
Открытие РНК
V Международный биохимический конгресс
Эксперимент Ниренберга
1968 - Нобелевская премия по физиологии и медицине
Центральная догма молекулярной биологии
DNA replication
Transcription and translation
Первый отсеквенированный геном
Human Genome Project
Next Generation Sequencing, or NextGenSeq, or NGS
NextGen Sequencing Revolution
Next Generation Sequencing
11.85M
Категория: БиологияБиология

Школа «Науки о данных». Введение в молекулярную биологию

1.

Школа «Науки о данных»
Трек «Биоинформатика» 25-26 апреля

2.

Введение в молекулярную биологию
Молекулярная биология для компьютерщиков
за полтора часа
Мария Попцова
зав. лаборатории биоинформатики
факультет компьютерных наук

3. Объекты в биологии

• Биологический объект - это живой организм
• Все живые тела состоят из клеток
• Клетка – элементарная единица живого
• Все клетки имеют одинаковые принципы
организации

4. Клетка-город

Объект биологии
Клетка-город

5. Клетка как город

• Внешняя стена с воротами => мембрана с
каналами
• Кремль => ядро
• Библиотека => геном
• Библиотека находится в Кремле => геном
находится в ядре
• Роботы => белки
• В книгах библиотеки (геноме) содержатся
инструкции как делать роботов (белки)

6. Why do we need genome? The inner life of the cell

https://www.youtube.com/watch?v=wJyUtbn0O5Y

7. ЧТО ТАКОЕ ГЕНОМ?

• Для биолога
Ряд Нобелевских
• Для биоинформатика
премий 1950-1970

8. Геномы разных органзимов

9. Вторичная структура – альфа-спираль и бета-лист

Обитатели клетки-города
Нобелевская премия по химии 1954
Лайнус Полинг
Альфа-субъединица АТФ-синтетазы
Вторичная структура – альфа-спираль и бета-лист

10. Proteins are made of 20 amino acids

Over 100 amino
acids exist in
nature

11.

Белок - текст,
написанный на
алфавите
из 20 букв

12. Genome is made of DNA

13. DNA is made of 4 nucleotides

14. Chargaff’s rules


Chargaff’s rules
1st Chargaff’s rule
– А=Т and G=C in double-stranded
DNA
2nd Chargaff’s rule
– А=Т и G=C in single-stranded DNA
http://www.youtube.com/watch?v=HvJlnujmYcg
Human Genome:
A=30.9% and T=29.4%; G=19.9% and
C=19.8%

15. Good Quality DNA X-Ray images

• Морис Уилкинс и Розалинд Франклин
• .

16. Nobel Prize in 1962

Геном - текст,
написанный на
алфавите
из 4 букв

17. Расшифровать генетический код

18. Георгий Гамов

Бубновый код
- объясняет загадочное число 20.
- число различных ромбовых
комбинаций именно в такой модели
равно как раз двадцати.
Треугольный (комбинаторный)
Перекрывающиеся

19. Клуб РНК-галстуков

«Мы просто пили калифорнийское вино, и нам приходили идеи»
Георгий Антонович Гамов
Джордж Гамов, физик, ALA — аланин
Ричард Фейнман, физик, GLY- глицин
Джеймс Уотсон, биолог, PRO — пролин
Макс Дельбрюк, физик, TRP триптофан
Фрэнсис Крик, биолог, TYR – тиразин
Эрвин Чаргаф, биохимик, LYS – лизин
Francis Crick, Alexander Rich, George Gamow, James Watson, Melvin Calvin

20. Код без запятых

• Синтез белков происходит
не на ДНК, а на
посреднике в виде
молекулы РНК
• Гипотеза Крика об
адаптерных молекулах
• Проблема рамки
считывания и значащих и
незначащих кодонов
Френсис Крик

21. 1957, Francis Crick a talk at University College, London

стала известна
как Crick’s Central Dogma
или
Центральная догма молекулярной
эволюции
Francis Crick’s unpublished 1956 sketch of the central dogma. (Image: Wellcome Library,
London.)

22. Открытие РНК

• Об РНК знали с 1868 года, когда Фридрих
Мишер открыл нуклеиновые кислоты.
• 1961 - Две публикации в Nature
– announcing the isolation of messenger RNA
(mRNA)
– Theoretical Review François Jacob and Jacques
Monod about role of mRNA in gene regulation

23. V Международный биохимический конгресс

1961
Москва, 10-16 августа
Ниренберг М.В., Маттеи Г. // Тр. V Международ. биохим. конгресса. Симп.1. 1962.
С.211—226

24. Эксперимент Ниренберга

25. 1968 - Нобелевская премия по физиологии и медицине

Ниренберг, Хорана,
Холли

26. Центральная догма молекулярной биологии

Репликация
ДНК
Транскрипция
РНК
Трансляция
Белок

27. DNA replication

https://www.youtube.com/watch?v=4jtmOZaIvS0

28. Transcription and translation

https://www.youtube.com/watch?v=41_Ne5mS2ls

29.

Рождение технологий

30.

Метод секвенирования Сэнгера
1992 г
Нобелевская премия по химии 1980 г.
• 1977 год
Начал с получения полной
аминокислотной
последовательности инсулина в
1951-52
The Wellcome Trust Sanger Institute, 1992

31. Первый отсеквенированный геном

• 1995 г.
бактерия Haemophilus
influenzae –гемофильная
палочка или палочка
Пфейфера
5 Mb

32. Human Genome Project

• Started in 1990
• Finished 2001/2003
• Sanger Sequencing
3 Gb

33.

34. Next Generation Sequencing, or NextGenSeq, or NGS

35.

36.

37. NextGen Sequencing Revolution

To print is more expensive than to sequence
Human genome –
130 Volumes, double-sided,
4pt, ~ 43,000 chars per page

38. Next Generation Sequencing


DNA-seq
RNA-seq
Chip-Seq
MNase-Seq
Hi-C
Massive parallel sequencing
1 million to 43 billion short reads per instrument run
English     Русский Правила