Персонализированный подход в онкологии. Роль комплексного геномного профилирования в клинической практике

1.

Комплексное геномное профилирование –
четкое видение каждого пациента и его
заболевания.

2.

Персонализированный подход в онкологии.
Роль комплексного геномного профилирования в клинической
практике.

3.

Успехи в лечении злокачественных заболеваний
обеспечивают снижение смертности
https://ourworldindata.org/cancer-death-rates-are-falling-five-year-survival-rates-are-rising

4.

Для назначения значительной части ЛС необходимо
проведение предварительного тестирования
https://www.nature.com/articles/s41573-023-00723-4

5.

Количество публикаций посвященных
персонализированному подходу растет
PM-personalized medicine
https://doi.org/10.1016/j.prp.2022.153760

6.

Cтратифицированная
медицина
Персонализированная
медицина
Большая,
неспецифическая
Средняя, подгруппы
пациентов
Пациент
Диагностика
Специфических
маркеров нет
Лечение
Один препарат,
комбинация
для всем
Единственные
маркеры
для нозологиии
Препарат,
направленный на
маркер
Один размер подходит
всем
Целевая
популяция
Комплексное геномное
профилирование
Тщательно выбранный препарат
или комбинация
7
Agyeman, A.A. and Ofori-Asenso, R. (2015) J Pharm Bioallied Sci 7:239–44.

7.

Precision Medicine – Also known as personalized medicine, this refers to the tailoring of medical
treatment to the individual characteristics of each patient, by classifying individuals into subpopulations
that differ in their susceptibility to a particular disease or their response to a specific treatment.
CGP - Comprehensive genomic profiling (CGP) is a next-generation sequencing (NGS) approach that uses
a single assay to assess hundreds of genes including relevant cancer biomarkers, as established in
guidelines and clinical trials, for therapy guidance.

8.

Влияние на тактику ведения и лечения пациентов
Эволюция в молекулярном тестировании
Традиционные подходы
молекулярного профилирования
Секвенирование
методом
Секвенирование первого поколения
Секвенирование нового поколения
«гибридного
захвата»
Секвенирование с
использованием метода
«горячих зон»
Метод
Сэнгера
FISH
Полноэкзомное / полногеномное
секвенирование
ПЦР
ИГХ
Эволюция молекулярного профилирования
FISH: fluorescence in situ hybridisation (флуоресцентная гибридизация in situ); IHC: immunohistochemistry (ИГХ, иммуногистохимия); NGS: next-generation sequencing (секвенирование нового поколения); PCR: polymerase chain reaction (ПЦР, полимеразная
цепная реакция); RNA: ribonucleic acid (РНК, рибонуклеиновая кислота); WES: whole exome sequencing (секвенирование всего экзома); WGS: whole genome sequencing (секвенирование всего генома).
10
Netto, G.J., et al. (2003) Proc Bayl Univ Med Cent 16:379-83; de Matos, L.L., et al. (2010) Biomark Insights 5:9-20; Dong, L., et al. (2015) Curr Genomics 16:253-63.

9.

Cтратифицированная
медицина
Персонализированная
медицина
Различные методы диагностики:
-
ИГХ
ПЦР
FISH
Секвенирование по Сенгеру
Один метод диагностики
подходит всем?

10.

Что такое таргетная терапия

11.

2020 год
2020 год
Для ежедневной практики
Клин. исследования
Отдельные случаи
https://doi.org/10.1016/j.annonc.2020.07.014

12.

Для ежедневной практики
2020 год
Мультигенное NGS
Определение TMB (NGS)
1. Аденокарцинома легкого
1. Рак шейки матки
2. Рак предстательной железы
2. Рак слюнных желез
3. Холангиокарцинома
3. Рак ЩЖ
4. Рак яичников
4. Рак вульвы
5. Рак из невыясненного первичного очага
5. высоко- и среднедифферен. НЭО

13.

Клинические исследования
2020 год
Мультигенное NGS
Может приводить к клиническому
значимому результату у отдельных
пациентов, без выявления маркеров
чувствительности стандартными
тестами.
Особенно актуально для МЖ, поджелудочной
железы, ГЦК.

14.

Отдельные случаи
2020 год
Мультигенное NGS
Крайне рекомендовано клиническим
научным центром с целью увеличения
доступа к инновационным препаратом
и ускорению клинических
исследований.
ESMO признает пользу в случае если пациент и
врач могут совместно решить использовать
мультигенное NGS, без нагрузки на систему
общественного здоровья.

15.

Для ежедневной практики
Экспертная рабочая группа подчеркивает разнообразие
стран входящих в регион, особенности локальной
клинической практики.
Метастатический НМРЛ
Эпителиальный рай яичников (BRCA 1.2. и др.)
Япония.
NGS тестивароние (3 панели, включая одну жидкостную)
входит в стандарт клинической практики и финансируется из гос. бюджета.
Рак простаты при доступности PARP-ингибиторов
Показаны для пациентов с распространённым раков после окончания стандартной
терапии.
https://doi.org/10.1016/j.esmoop.2023.101586

16.

Пациенты с метастатическим или распатроненным раком должны проходить
тестирование если одно или несколько генетических нарушений имеют соответствующее
регуляторное одобрение для назначение или выявления противопоказаний к лечению.
Мультигенное панельное тестирование рекомендовано если есть более одного
биомаркера и советующей одобренной терапии для заболевания.
Опухоль неспецифеческая терапия является обоснованием для тестирования всех
солидных опухолей.

17.

Одобренные FDA препараты по
опухоль неспецифическим
показаниям:
• Entrectinib
NTRK
• Larotrectinib
• Pembrolizumab
TMB-H
MSI-H/ dMMR
• Dostarlimab
BRAF
• Dabrafenib and trametinib
• Selpercatinib
RET

18.

Секвенирование следующего поколения
Next-generation sequencing (NGS)
- Это технология массивного параллельного анализа последовательности
нуклеотидов, с высокой пропускной способностью.

19.

Разновидности NGS
Источник НК
Вид НК
• Ткань
• Циркулирующие опухолевое ДНК
• ДНК
• РНК
• ДНК и РНК
Объём анализа
• Полный геном
• Полный экзом
• Панельное секвенирование
Широкопанельное, tumor-agnostic
Специфичное для нозологии
Fusion панели и др.
Вид генов
• Герминальные мутации
• Соматических мутация

20.

Преимущества NGS перед тестирование
на отдельные биомаркеры
CGP
• Высокая чувствительность
• Быстрое получение результата
• Низкий порог обнаружения
• Higher capacity with sample multiplexing
• Экономическое преимущество при анализе множества генов
• Способность анализировать сотни генов одновременно
• Выявление редких мутаций
• Выявление сложных генетических альтераций

21.

Традиционный тест на один маркер
1-е поколение
Стандартные
молекулярные тесты на
один маркер, такие как
ПЦР, FISH, ИГХ
(косвенно)
пропущен
обнаружен
пропущено
пропущено
о
о
пропущено
2-е поколение
3-е поколение
FISH, fluorescence in situ hybridization: флуоресцентная гибридизация in situ; ИГХ:
иммуногистохимия; ПЦР: полимеразная цепная реакция
Frampton G et al. (2013) Nature Biotech 31, 1023-34
26

22.

Секвенирование по методу «горячих зон»
1-е поколение
2-е поколение
Панели NGS «hot spot»
идентифицируют
известные генетические
изменения, находящиеся
в заранее известных
участках представляющих
интерес генов. Панели и
не могут обнаружить все
классы геномных
изменений.
пропущен
обнаружено
обнаружено
пропущен
о
о
пропущен
о
3-е поколение
NGS: секвенирование следующего поколения
Frampton G et al. (2013) Nature Biotech 31, 1023-34
27

23.

Комплексное геномное профилирование (CGP)
1-е поколение
2-е поколение
3-е поколение
Метод комплексного
геномного
профилирования (КГП)
предназначен для
анализа всех 4-х
классов генетических
изменений во всех
известных онко
значимых генах
обнаружен
обнаружено
обнаружен
обнаружено
о
о
FMI: Foundation Medicine, Inc.
Frampton G et al. (2013) Nature Biotech 31, 1023-34
обнаружен
о
28

24.

CGP versus WGS / WES
CGP 9,10
WGS
WES
FoundationOne® profiling
service
Tissue Requirement
Fresh tissue is optimal as sequencing of FFPE tumour
material is problematic due to poor quality DNA and loss
of genomic complexity1
Fresh tissue is optimal as sequencing of
FFPE sample (including
FFPE tumour material is problematic due to core or needle biopsy)
poor quality DNA and loss of genomic
complexity2
Turnaround time
Months3
Months4
≤ 14 days
Performance
Difficult to obtain sensitive and cost effective depth of
coverage1
Difficult to obtain sensitive and cost
effective depth of coverage1
High sensitivity / specificity
with high coverage
Genomic alteration
identification
May identify new cancer-relevant genes5
Relevant for identification of germline mutations (also
WES)5
Sequencing an entire genome reveals an enormous
amount of genetic information, much of which is not
actionable or informative (also WES)1,7
Focuses on analysis of coding regions
only, reducing the number of clinically
irrelevant alterations and making it more
affordable and less challenging vs
WGS5-7
Cannot detect gene fusions8
CGP: comprehensive genomic profiling; FFPE: formalin-fixed paraffin-embedded; NGS: next-generation sequencing; WGS: whole genome sequencing; WES: whole exome
sequencing.
29
1. MacConaill, L.E. (2013) J Clin Oncol. 31(15):1815-1824; 2. Costello, M., et al. Broad Institute of MIT and Harvard, Genomics Platform poster
(http://genomics.broadinstitute.org/data-sheets/POS_HandlingVariablePerformance_MC_AGBT_2-16.pdf) Accessed May 2017; 3. Laskin, J., et al. (2015) Molecular Case
Studies, 1(1):a00057; 4. Jamal, S.M., et al. (2013) Am J Med Genet A 161(5):935-950; 5. Seng Ku, C., et al. (2013) World J Gastroenterol 19(13):2011-8; 6. Meldrum, C., et al.
(2011) Clin Biochem Rev 32:177-95; 7. Dong, L., et al. (2015) Curr Genomics 16:253-63; 8. Beltran, H., et al. (2015) JAMA Oncol 1(4):466-74; 9. Foundation Medicine, Inc.
(2016) FoundationOne® technical information and test overview; 10. Frampton, G.M., et al. (2013) Nat Biotechnol 31(11):1023-31.
Focuses on identification
of clinically relevant
genomic alterations of
300+ known cancer genes

25.

Персонализированная тактика ведения
Комплексное геномное профилирование
Широкопанельное NGS

26.

CGP выявляет клинически значимые геномные
изменения, пропущенные другими тестами
CGP: комплексное геномное профилирование; NGS: секвенирование следующего поколения; FISH: флуоресцентная гибридизация in situ; ИГХ: иммуногистохимия; ПЦР: полимеразная цепная реакция; СЛ: стандартное лечение
1. Frampton GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31: 1023–1031.
2. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21: 3631–3639.
3. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6: 762–770.
4. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 12: 258–268.
5. Suh JH et al. Oncologist 2018; 23: 776–781.
6. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 22: 3281–3285.
7. Boussemart L et al. Presented at ESMO (European Society for Medical Oncology)
2017, Madrid, Spain: Poster no. 1234 P.
8. Rankin A et al. Oncologist 2016; 21: 1306–1314.
9. Ross JS et al. Cancer 2016; 122: 2654–2662.
31

27.

Test sensitivity achieved was 95–99% across alteration types, with
high specificity (positive predictive value >99%).
We confirmed accuracy using 249 FFPE cancer specimens characterized by
established assays.
Application of the test to 2,221 clinical cases revealed clinically actionable
alterations in 76% of tumors,
three times the number of actionable alterations detected by current diagnostic
tests.
https://www.nature.com/articles/nbt.2696

28.

Персонализированный подход в онкологии.
Роль комплексного геномного профилирования в клинической практике.
Клинический пример изменения мутационного статуса опухоли после
проведения NGS при аденокарциноме легкого
Короткевич Павел Евгеньевич, к.м.н.
Заведующий онкологическим торакальным отделением
Республиканский научно-практический центр онкологии
и медицинской радиологии им. Н.Н.Александрова
Минск, Республика Беларусь
8 августа 2023

29.

Возраст:
41
Пол:
женский
Общее состояние
ECOG 1
Жалобы
На незначительную слабость, боли в грудной клетке
Курение
Нет
Диагноз
Периферический рак верхней доли левого легкого с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC. Состояние после диагностической
торакоскопии справа, биопсии л/узла средостения 18.03.2020г.
Морфология
Аденокарцинома (EGFR «-», ALK «-», ROS1 «-»)

30.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
18.03.2020
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1-

31.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1Прогресс
Рост первичной
опухоли
5 курсов
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
03.09.2020
06.05.2020
PC

32.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1Прогресс
Прогресс
Новые очаги
pemetrexed
5 курсов
4 курса
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
30.12.2020
PC
03.09.2020
06.05.2020
Рост первичной
опухоли

33.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
Ребиопсия
Прогресс
Прогресс
Прогресс
Новые очаги
Новые очаги
pemetrexed
5 курсов
4 курса
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
Athezolizumab
30.12.2020
PC
03.09.2020
06.05.2020
Рост первичной
опухоли
Включена в
программу о
разделении рисков
09.08.2021
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1-

34.

до начала лечения
после 4-х введений
Частичный ответ ↓35%
после 8 введений
Прогрессирование (новые очаги)

35.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
NGS
Ребиопсия
Прогресс
Прогресс
Прогресс
Прогресс
Новые очаги
Новые очаги
Новые очаги
5 курсов
4 курса
8 введений
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
Включена в
программу о
разделении рисков
VP
цисплатин +
винорелбин
Alectinib
01.02.2022
Athezolizumab
09.09.2021
pemetrexed
30.12.2020
PC
03.09.2020
06.05.2020
Рост первичной
опухоли
09.08.2021
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1-

36.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
NGS
Ребиопсия
ALK+ (ИГХ)
Ребиопсия
Athezolizumab
5 курсов
4 курса
8 введений
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
30.12.2020
pemetrexed
Включена в
программу о
разделении рисков
Прогресс
Прогресс
Новые очаги
Новые очаги
Новые очаги
VP
цисплатин +
винорелбин
Briga
Alectinib
11.04.2022
Новые очаги
Прогресс
01.02.2022
Прогресс
PC
03.09.2020
06.05.2020
Рост первичной
опухоли
09.09.2021
Прогресс
09.08.2021
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1-
VC

37.

Периферический рак верхней доли левого легкого (аденокарцинома) с метастазами в л/узлах
средостения с 2-х сторон cT3N3M0, ст.IIIC.
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
ВАТС справа, биопсия
ЛУ средостения
NGS
Ребиопсия
ALK+ (ИГХ)
Ребиопсия
4 курса
8 введений
Начало лечения
Карбоплатин +
Паклитаксел
Включена в
программу о
разделении рисков
Новые очаги
VP
цисплатин +
винорелбин
Alectinib
Briga
VC
Lorlatinib
02.09.2022
5 курсов
Прогресс
Новые очаги
04.05.2022
Athezolizumab
30.12.2020
pemetrexed
Прогресс
Новые очаги
11.04.2022
Новые очаги
SRS на
солитарный
mts в ГМ
Прогресс
01.02.2022
Прогресс
PC
03.09.2020
06.05.2020
Рост первичной
опухоли
09.09.2021
Прогресс
09.08.2021
18.03.2020
Аденокарцинома
легкого
EGFR-, ALK-(FISH), ROS1-

38.

39.

40.

TTF1 (+)
ALK
Ассоциирована с чувствительностью к
Пеметрексед
Ассоциирована с чувствительностью к
Алектиниб
Бригатиниб
Лорлатиниб
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
BRCA2
Ассоциирована с чувствительностью к
Атезолизумаб
Ассоциирована с чувствительностью к
PARP-ингибиторы
Препараты платины

41.

42.

43.

44.

Гиперэкспрессия PD-L1 ассоциируется с плохим ответом на ALK-ингибиторы 2-го поколения.
ALK-позитивный рак легкого характеризуется низкой чувствительностью к check point ингибиторам, в связи с чем
назначение иммунотерапии в монорежиме не рекомендуется.
Комутация P53 является неблагоприятным фактором прогноза для ALK-позитивных пациентов.
ALK fusion variant 3a/b, concomitant mutations, and high PD-L1 expression were associated with unfavorable clinical response to secondgeneration ALK TKIs in patients with advanced ALK-rearranged non-small cell lung cancer (GASTO 1061) Meichen Li

45.

PC
pemetrexed
5 курсов
4 курса
VP
Athezolizumab
Alectinib
Briga
VC
Lorlatinib
8 введений
PD-L1 (ОК) 8%.
PD-L1 (ИК) 10%
TTF1 (+)
Конкурирующая химиолучевая терапия стандарт
лечения нерезектабельного НМРЛ III стадии
Ребиопсия
(тканевая + жидкостная)
ALK-inhibitors (2nd or 3rd generation)
Ребиопсия
(тканевая + жидкостная)
Carbo+Pac+Bev+Athezo
Ребиопсия
(тканевая + жидкостная)
Pemetrexed + ALK-inhibitor
Ребиопсия
(тканевая + жидкостная)
PARP-inhibitors

46.

Выводы
NGS позволяет определить большинство генетических нарушений.
Лечение в 1-ой и 2-ой линиях необходимо назначать согласно международным и национальным
рекомендациям.
Опухоль мутирует в процессе лечения. Ребиопсия оправдана у компенсированных пациентов
(ОСОБЕННО У ПАЦИЕНТОВ С ДРАЙВЕРНЫМИ МУТАЦИЯМИ) с целью поиска таргетных и нетаргетных
молекулярных нарушений.
Лечение в 3-ей и последующих линиях при раке легкого крайне сложно прописать в клинических
рекомендациях. Оно должно быть персонифицированным (нередко нестандартным) на основе
широких панелей NGS с учетом результатов имеющихся научных исследований (зачастую
моноцентровых нерандомизированных) и клинических наблюдений. Возможно включение пациента в
клинические исследования.

47.

Оптимизация использования опухолевого
материала
• Алена Ивановна: жидкостное NGS, клеточный блок ( 1-2 сл)

48.

Персонализированный подход в онкологии.
Роль комплексного геномного профилирования в клинической практике.
Проблема доступности опухолевого материала. Почему иногда нет
адекватного материала и что тогда делать?
Короткевич Павел Евгеньевич, к.м.н.
Заведующий онкологическим торакальным отделением
Республиканский научно-практический центр онкологии
и медицинской радиологии им. Н.Н.Александрова
Минск, Республика Беларусь
8 августа 2023

49.

Что мы ждем от морфологического и молекулярногенетического заключения при аденокарциноме легкого?
Гистологический вариант опухоли
Преобладающий паттерн
Органопринадлежность
TTF-1
EGFR
Napsin
MET
Exon14 skip
Exon 19 del
Exon 21 L858R
EGFR
RET
S768I
L861Q
G719X
ALK
EGFR
Exon 20 ins
ROS1
NTRK
BRAF
PD-L1
HER2
KRAS
G12C

50.

Малый биопсийный материал
• Аккуратная работа с материалом (хирурга, медицинской сестры, патолога)
• Своевременная фиксация (не допускать высыхания)
• Четкое указание цели биопсии (при планировании молекулярно-генетических исследований указывать это в
направлении)
Материала много не бывает
EBUS
18G
16G
14G
VATS
VATS

51.

Торакоскопия,медиастиноскопия
Возможности
Биопсия плевры
Биопсия л/узлов средостения
Биопсия первичной опухоли
Биопсия метастазов в легких (атипичная резекция)
Преимущества
Достаточное количество материала
При злокачественном плевральном выпоте позволяет
адекватно дренировать плевральную полость и произвести
плевродез.
При перикардите возможность фенестрации
Недостатки
Инвазивность.
Наркоз (для ВАТС однолегочная вентиляция).
Авторская презентация П.Е. Короткевича

52.

Роль медиастиноскопии в диагностике рака легкого
• Двулегочная вентиляция
• Возможность
верификации N-статуса
(N2,N3)
• Быстрая активизация
пациента, отсутствие
необходимости в
длительном
обезболивании
• На следующий день
пациент может быть
выписан на амбулаторное
лечение

53.

ВАТС, биопсия плевры

54.

ВАТС, биопсия лимфатических узлов

55.

Селективная (бифуркационная) лимфодиссекция
справа
Левый главный бронх
Правый главный бронх
пищевод
Нижняя легочная вена

56.

Торакоскопия: атипичная резекция легкого
• Забор достаточного объема
морфологического
материала
• Подтверждение
распространенности
опухолевого процесса (М1)

57.

Количество диагностических операций, выполненных в РНПЦ ОМР за
2022г.
Диагностическая торакоскопия
402
Медиастиноскопия
17
Всего
419
В 2022г. выполнены 603 видеоассистированные операции.

58.

59.

Bettina Bisig
Institute of Pathology, Lausanne
University Hospital (CHUV) Switzerland
[email protected]
23-24 June 2023, Barcelona, Spain

60.

Почему мы используем хирургические методы верификации
очень часто, а в высокоразвитых странах крайне редко?
Нет навигационного оборудования и обученных специалистов для выполнения трепан-биопсий
опухолей легкого под КТ-контролем.
Учитывая используемые технологии тестирования материала все равно не хватит.
Недоступна технология NGS в РНПЦ ОМР им. Н. Н. Александрова.
Не развиваются технологии молекулярно-генетических исследований цитологических биоптатов.
Скупой платит дважды
KRAS
EGFR
NTRK
RET
MET
ALK
HER2
BRAF
PD-L1
NGS
PD-L1
ROS1
Цена – человеческая жизнь

61.

The genomic alterations driving tumour
growth
Four classes of genomic alteration can drive tumour growth
Unaltered
chromosome
1,2
+Base
substitutions
Insertions and
deletions
Copy number
alterations
Rearrangements
(gene fusions)
Gene of
interest
All classes may be clinically relevant because they inform the physician about
the molecular changes underlying the patient’s disease2
68
1. Stratton, M.R., et al. (2009) Nature 458:719-24;
2. Chin, L. and Gray, J.W. (2008) Nature 452:533-63.

62.

Не дают понимание о мутации и
генетической природе болезни
Традиционные методы
Тест
Недостатки
Выявляет
ИГХ
Экспрессия протеина
Изменения числа копий, перестройки
FISH
Не дает представления о природе генетического
нарушения
Зависимость от подготовительного этапа и техники
окрашивания
Субъективная интерпретация результата
При анализе нескольких маркеров требуется
большое количество ткани
Не может выявить вставки, выпадения, замены
оснований
Относительной дорогой
Интерпретация крайне субъективно и сложна для
некоторый мутаций
ПЦР
Substitutions
Сенгер
Indels, copy number alterations, rearrangements

63.

Our understanding of the genomic landscape
of lung cancer is continuously growing
20041
20142
20173
EGFR WT amp 1%
EGFR exon 20 2.1%
Other EGFR 4%
ALK 8%
HER2 2%
BRAF 2%
PIK3CA 1%
MET amp 1%
NRAS 1%
MEK1 <1%
Two genes 4%
EGFR 17%
KRAS
EGFR
KRAS 25%
ALK Fusion 3.8%
MET splice 3%
Other drivers 2.9%
EGFR T790M 5%
Sensitising EGFR
19.4%
Unknown
No driver detected
35%
KRAS 25.3%
ROS1 Fusion 2.6%
ERBB2 2.3%
BRAF V600E 2.1%
PIK3CA 2%
NF1 loss 1.9%
CDKN2A loss 1.9%
RET Fusion 1.7%
MET amp 1.4%
ERBB2 amp 1.4%
BRCA1/2 loss 1.3%
BRAF non-V600E 1.3%
NRAS 1.2%
No mutation 1.2%
No driver detected TSC1/2 loss 0.7%
MAP2K1 0,7%
12%
FGFR1/2 0.7%
PTEN loss 0.7%
70
1. Pao, W., et al. (2011) Lancet Oncol 12:175-80; 2. Johnson, B.E., et al (2013) ASCO Annual Meeting: abstract 8019; 3. Jordan, E.J., et al. (2017) Cancer Discov 7:596–609

64.

65.

Колоректальный
NCCN
KRAS, NRAS, and BRAF
MMRa or MSI
HER2
NTRK
Эпидемиология
Локальный стандарт

66.

Молочная железа
Основные маркеры
Дополнительные маркеры NCCN V.2023
Тип РМ
Биомаркер
Метод тестирования
ГР+, HER2-
PIK3CA активирующая мутация
ПЦР
ГР+, HER2-
ESR1
NGS, ПЦР (кровь)
Любой
NTRK слияния
NGS, FISH, ПЦР
Любой
MSI-H/dMMR
ИГХ, NGS, ПЦР
Любой
TMB-H
NGS
Любой
RET cслияние
NGS

67.

Рак желчных путей
Биомаркер
Желчный
пузырь
Внутрипечено
чные протоки
Внепеченочны Встречаемость Метод
е протоки
NTRK слияние
+
+
+
< 1%
NGS
MSI-H/dMMR
+
+
+
1-3%
ИГХ ПЦР NGS
TMB-H
+
+
+
< 5%
NGS
BRAF V600E
+
+
+
1-5%
NGS ПЦР
FGFR2
-
+
+
9-15%
NGS FISH
IDH1
-
+
+
10-22%
NGS
HER2(ERBB2)
+
+
+
5-30%
ИГХ FISH NGS
RET
+
+
+
< 1%
NGS

68.

Тестирование на отдельные биомаркеры в
сравнении в мультигенным NGS
• требует большого количества опухолевого материала
• Часто не дает представления о конкретных генетических нарушения
• Часто ассоциирована с сложностью в интерпретации результата и меньшей точностью
• Не может охватить все клинически релевантные генетических нарушения.
• Технология тестирования хорошо знакома
• Клиническая интерпретация проста (+/-)

69.

Путь пациента с применим NGS/GCP
Назначение CGP
Морфологическая
оценка
NGS тест
Клиническое
решение
Отчет
1
2
3
Клинические
характеристики
пациента
Рентгенологические
данные
Молекулярногенетические данные
Патоморфологическое
заключение
Варианты лечения

70.

Междисциплинарные команды помогают
принимать оптимальные решения
Рентгенологические
данные
Молекулярногенетические данные
Клинические
характеристики
пациента
Патоморфологическое
заключение
Междисциплинарная
команда
1
2
3
Варианты лечения на основе
молекулярных мишеней

71.

Междисциплинарные команды помогают
принимать более точные решения
Интерпретация отчета комплексного геномного
профилирования
Рентгенологические
данные
Молекулярногенетические данные
Патоморфологическое
заключение
MOLECULAR TUMOUR
BOARD (MTB)
Клинические
характеристики
пациента
Междисциплинарная
команда
1
2
3
Варианты лечения на основе
молекулярных мишеней

72.

MTB объединяет разных специалистов для
принятия наилучшего клинического решения
Генетик
Врач-клиницист
Анализирует генетические аспекты
онкологического заболевания и
экспериментальные опции лечения
Оценивает взаимосвязь генетических
изменений с прогнозом и ответом на терапию
Молекулярный биолог
Интерпретирует функциональную
значимость выявленных изменений
Биоинформатик
Предоставляет экспертизу об анализе
геномных изменений, связанных с
онкозаболеванием, и интерпретирует
результаты анализа
MTB: molecular tumour board.
1. Schwaederle, M., et al. (2014) Oncologist 6:631-6; 2. van der Velden, D.L., et al. (2017) Ann Oncol 28:3070-5;
3. Knepper, T.C., et al. (2017) Oncologist 22:144-51.
Патоморфолог
Подробно анализирует гистологию
опухоли и другие биомаркеры

73.

Пример МТВ
• Случай глиобластомы

74.

Путь пациента с применим NGS/GCP
Назначение CGP
Доступность
теста
Морфологическая
оценка
Качество
материала
NGS
Время
тестирования
Отчет
Клиническое
решение
Интерпретация результата и принятие решение
Доступность
терапии