downloadfile-1

1.

МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ • ЛЕКЦИЯ И ПРАКТИКА
Поиск и анализ научной
информации в PubMed
От исследовательского вопроса — к обоснованному
выбору публикаций
Лаврушкина Алина • Громова Александра • 04_био26

2.

Цель и планируемые результаты
ВВЕДЕНИЕ
• Понять назначение PubMed и отличие от обычного поисковика.
• Различать PubMed, MEDLINE и PubMed Central (PMC).
• Находить Title, Authors, Journal, Abstract, PMID, DOI и MeSH terms.
• Составлять запросы с AND, OR, NOT, кавычками и тегами полей.
• Применять MeSH и фильтры, оценивать релевантность
публикаций.
Ключевой навык
Не просто найти статью, а
объяснить, почему она отвечает
на вопрос.
• Фиксировать поисковую стратегию для её повторения.
Результат
Отобрать публикации и кратко
описать состояние научной
проблемы.
02

3.

Зачем нужен систематический поиск литературы?
ВВЕДЕНИЕ
Перед экспериментом
Для научной работы
Чтобы не ошибиться
Выяснить, что известно, какие
методы использовали другие
группы и какие вопросы остаются
открытыми.
Подобрать обоснованные
источники для курсовой,
диплома, обзора или
исследовательского проекта.
Не опираться на одну публикацию
и не путать отдельный результат с
общепринятым выводом.
Пример на занятии: влияние микропластика на клетки человека и возможная
связь с окислительным стрессом.
03

4.

PubMed, MEDLINE и PMC: три разных понятия
ОСНОВЫ
PubMed
MEDLINE
PubMed Central (PMC)
Бесплатный поисковый ресурс для
библиографических записей и
рефератов по биомедицинской
литературе. Поддерживается NCBI
в структуре NIH/NLM.
Библиографическая база NLM с
предметной индексацией, в том
числе с использованием
контролируемого словаря MeSH.
Архив полнотекстовых
биомедицинских статей; полный
текст доступен для материалов,
размещённых в архиве.
PubMed включает записи MEDLINE и записи из других источников. Не каждая запись
PubMed уже индексирована в MEDLINE.
04

5.

Чем PubMed отличается от обычного поисковика?
Обычный интернет-поиск
PubMed
Ищет материалы по всему интернету: сайты,
новости, презентации, репозитории и копии
публикаций.
Специализируется на биомедицинской
литературе; поддерживает поиск по полям,
MeSH, типам публикаций и фильтрам.
ОСНОВЫ
Присутствие статьи в PubMed не гарантирует безошибочность выводов, идеальную
методологию или бесплатный полный текст.
05

6.

Как устроена запись научной статьи?
Элемент
Что показывает
Title / название
Тема работы; первый, но не окончательный критерий отбора.
Authors / авторы
Исследовательская группа и другие публикации авторов.
Journal и дата
Где и когда опубликована статья; помогают оценить актуальность.
Abstract / реферат
Цель, методы, основные результаты и выводы — если доступен.
Keywords
Ключевые слова авторов; полезны, но не всегда унифицированы.
MeSH terms
Контролируемые предметные рубрики, если присвоены.
PMID / DOI
PMID идентифицирует запись PubMed; DOI — цифровой идентификатор публикации.
Publication type
Например, Review, Systematic Review или Clinical Trial.
Full text links
Ссылки на PMC, сайт издателя или другой ресурс.
СТРУКТУРА ЗАПИСИ
Abstract помогает провести первичный отбор, но для оценки методов и ограничений часто нужен полный текст.
06

7.

Начинаем с простого поиска
ПОИСК
Исследовательский вопрос: есть ли данные о влиянии микропластика на
клетки человека?
Стартовый запрос
Первичный отбор
microplastics human cells
Просмотрите названия и Abstract; отметьте
статьи, отвечающие на вопрос.
• Широкий запрос может дать нерелевантные результаты.
• Уточняйте механизм, модель, тип публикации и терминологию постепенно.
• Число результатов меняется — записывайте дату поиска.
07

8.

Логические операторы AND, OR и NOT
ПОИСК
AND — сочетать
OR — альтернативы
NOT — исключить
microplastics AND oxidative stress
microplastic OR microplastics
microplastics NOT packaging
Требует оба понятия; обычно
сужает выдачу.
Объединяет синонимы; обычно
расширяет выдачу.
Может убрать полезные статьи —
применять осторожно.
Синонимы внутри смыслового блока объединяют через OR, разные понятия — через AND.
08

9.

Кавычки, поля и Advanced Search
ПОИСК
Точная фраза
Поиск по полю
"oxidative stress" — поиск устойчивого
словосочетания.
Smith AB[Author] — тег в квадратных скобках
ограничивает поле.
Поле
Пример / назначение
[Author]
Smith AB[Author] — поиск по автору.
[Journal]
Поиск в конкретном журнале.
[Title/Abstract]
Поиск терминов в названии или реферате.
[Date - Publication]
Ограничение по дате публикации.
[Language] / [Publication Type]
Язык или тип публикации.
09

10.

MeSH — контролируемый словарь
ПОИСК
MeSH (Medical Subject Headings) — стандартизированные предметные рубрики,
помогающие находить публикации по концепции, даже если авторы используют
разные слова.
Как применять
Проверяйте соответствие
Откройте MeSH Database, найдите oxidative stress
и изучите предпочтительный термин и связанные
рубрики.
Не выбирайте рубрику только по похожему
написанию: она должна подходить
исследовательскому вопросу.
У новой или ещё не проиндексированной записи MeSH terms могут отсутствовать. Это не
означает автоматически, что статья нерелевантна.
10

11.

Фильтры: применяем осмысленно
ПОИСК
Дата публикации
Тип публикации
Язык и полный текст
Для задания отдельно изучить
литературу за последние пять лет.
Review, Systematic Review, Clinical
Trial и другие метки.
Эти фильтры меняют выдачу и
могут исключить релевантные
работы.
Не начинайте с большого числа ограничений: сначала посмотрите выдачу без них.
Для задания отдельно ищите обзоры за последние 5 лет, оригинальные исследования за тот же
период и более ранние фундаментальные публикации.
11

12.

Какие типы публикаций нужно различать?
Review — обзор
Обобщает литературу; удобен
для ориентации, терминов и
поиска ключевых работ.
Оригинальное
исследование
Представляет собственные
данные и методы:
экспериментальные,
наблюдательные или
вычислительные.
ОЦЕНКА ПУБЛИКАЦИЙ
Систематический обзор
Использует заранее заданную
методику поиска и отбора.
Метаанализ может
присутствовать, но не обязателен.
Тип публикации не равен качеству: оценивайте дизайн, методы, модель, выборку,
ограничения и выводы.
12

13.

Первичная оценка релевантности статьи
ОЦЕНКА ПУБЛИКАЦИЙ
• Отвечают ли название и Abstract на вопрос?
• Какой объект изучали: клетки, животные, люди или in silico?
• Каковы дизайн, методы и размер выборки?
• Какие результаты получены и насколько осторожны выводы?
• Указаны ли ограничения, финансирование или конфликт
интересов?
Не переносите выводы
автоматически
Результат на клеточной линии не
доказывает такой же эффект у
человека.
• Можно ли проверить PMID, DOI, журнал и дату?
Различайте выводы
Наблюдаемая связь не всегда
означает причинноследственную связь.
13

14.

PubMed не гарантирует полный текст
ДОСТУП К СТАТЬЕ
PMC
Сайт издателя
Библиотека / репозиторий
Если статья размещена в PubMed
Central, её полный текст доступен
в архиве.
Полный текст может быть
открытым или требовать
подписки/оплаты.
Проверьте доступ через библиотеку
организации или репозиторий
автора.
Фильтр Free full text с самого начала может исключить часть релевантной литературы.
14

15.

Пример: уточняем запрос по шагам
РАЗБОР ПРИМЕРА
Шаг 1 — широкий
Шаг 2 — механизм
Шаг 3 — модель
microplastics human cells
microplastics AND oxidative stress
microplastics AND oxidative stress AND
human cells
• Сравните количество и релевантность результатов.
• Если результатов мало, проверьте синонимы или уберите избыточно узкое понятие.
• Проверьте подходящие MeSH-рубрики и сочетайте их со свободными ключевыми словами.
• Запишите точный запрос, дату, фильтры и число результатов.
15

16.

Практика: пошаговый алгоритм
1
Откройте PubMed
Введите microplastics human cells.
2
Проведите отбор
Просмотрите названия и Abstract.
3
Уточните механизм
microplastics AND oxidative stress.
4
Конкретизируйте модель
Добавьте AND human cells.
5
Используйте MeSH
Проверьте рубрики и объясните выбор.
6
Примените фильтры
Отдельно найдите обзоры и оригинальные работы за 5 лет.
7
Документируйте поиск
Запишите дату, запрос, фильтры и число результатов.
ПРАКТИКА
16

17.

Журнал поисковой стратегии
Дата
Точный запрос
Операторы / поля / MeSH
ПРАКТИКА
Фильтры
Число
результатов
Комментарий
Сохранение поисковых шагов помогает объяснить, как получена выборка, и повторить
поиск позже.
17

18.

Индивидуальное задание: что найти
ПРАКТИКА
Для одной выбранной темы найдите в PubMed:
1 обзор
2 оригинальные статьи
1 фундаментальную работу
За последние 5 лет.
За последние 5 лет.
Более ранняя публикация.
Дополнительно: систематический обзор или метаанализ, если подходящая работа существует.
Темы: микропластик и окислительный стресс; CRISPR-Cas9; miRNA и рак; устойчивость к антибиотикам; кишечный
микробиом и ожирение; митохондриальная дисфункция и старение; гипоксия и HIF-1α; апоптоз и рак;
окислительный стресс и нейродегенерация; SARS-CoV-2 и врождённый иммунитет.
18

19.

Что записать по каждой статье?
Поле
Что внести
Название, авторы, год, журнал
Полные библиографические данные.
Тип публикации
Review, original research, systematic review и т. п.
PMID и DOI
Идентификаторы из записи PubMed, если доступны.
Abstract
Краткое содержание своими словами.
MeSH terms
Предметные рубрики, если представлены.
Полный текст
Доступен ли и где находится.
Объект / модель
Клетки, организм, клинические данные, in silico и т. п.
Результат и ограничения
Что показано и какие вопросы остаются.
Релевантность
Почему статья полезна для вопроса.
Финальный вывод: 5–7 предложений о состоянии проблемы, результатах, различиях и ограничениях.
ПРАКТИКА
19

20.

Главные выводы
ИТОГИ
• PubMed помогает находить публикации, но не гарантирует полный
текст.
• MEDLINE — часть содержимого PubMed; PMC — архив полнотекстовых
статей.
• AND соединяет понятия, OR объединяет альтернативы, NOT требует
осторожности.
• MeSH помогает искать по рубрикам; он может отсутствовать у новых
записей.
Итог
Хороший поиск —
прозрачный,
воспроизводимый и
критический.
• Фильтры должны соответствовать вопросу и не быть чрезмерно
узкими.
• Качественный поиск документируют и дополняют критической
оценкой.
20

21.

Официальные ресурсы для работы
PubMed
СПРАВКА
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
Поиск биомедицинской литературы.
PubMed Help
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
Синтаксис запросов, поля и фильтры.
MeSH Database
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/
Контролируемые предметные рубрики.
PubMed Central
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/
Архив полнотекстовых статей.
Презентация переработана по документу «PubMed_Громова_Лаврушкина.docx».
21